植牙手術的絕對禁忌症，主要是基於手術及麻醉風險的考量，例如急重症病患和未受控制的代謝疾病。相對禁忌症則是可能影響骨骼新陳代謝或是傷口癒合的因素。下列為有研究證據支持的植牙手術禁忌症：
- 使用雙磷酸鹽類(抗骨吸收藥物)的患者由於顎骨壞死的風險,曾被視為接受植牙手術的絕對禁忌症。然而近來的研究證據顯示，若是使用口服形式的藥物，因植牙而導致顎骨壞死的風險並不高，且發生的機率和藥物劑量以及使用藥物的時間長短有關。
- 未控制的糖尿病
- 接受頭頸部放射線治療病人的顎骨
- 未治療口腔惡性腫瘤或正處於高劑量化學治療之患者
- 未治療的牙周病：接受植牙手術前，現存的牙周病必須先接受治療。許多研究顯示未治療的牙周病將降低人工植牙的成功率；相對的，即使有牙周病史但已經接受治療且有良好控制的患者，研究指出植牙手術3-16年後仍有超過90%的植牙存活率。然而值得一提的是，在牙周狀況不理想的患者身上、長時間追蹤顯示，有較高機率發生植體周圍嵴骨的喪失。因此，這些患者在術後建議密集的監控植體周圍狀況並且維持其健康。
- 未控制的精神疾病：有些心理或精神上的問題亦為植牙手術的絕對或相對禁忌症，端是其嚴重程度而定。精神疾病如精神分裂症、偏執狂或精神狀況不穩定如精神官能症的患者，可能不適合接受植牙手術。
- 藥物或酒精濫用
- 凝血功能異常患者
- 近期發生的心肌梗塞、腦中風、或人工心臟瓣膜手術
- 免疫抑制的患者（如接受器官移植者）
- 無法維持良好口腔衛生（如身心障礙者）
- 抽菸為植牙手術的相對禁忌症。證據顯示抽菸將增加植體周圍感染的風險並加速植體周圍骨嵴吸收，對傷口癒合亦有不良的影響。接受較進階的手術如植骨時，患者也將因抽菸而承受較高的失敗風險。因此，在接受植牙手術前，須強烈建議患者戒菸並提供相關的諮詢，相關資訊請見
- 咬合狀況：植體與齒槽骨之間若承受過大的應力亦可能導致植體周圍的骨喪失。因此，植牙手術後需要長期的追蹤其咬合狀況並予適當的調整，因為植體缺乏牙周韌帶所擁有的本體感覺。
- 年齡與性別：目前並無證據顯示年齡或性別將影響植體的成功率。值得一提的是，骨頭的植與量將隨著年齡增長而遞減，特別是停經後的女性。此外，由於成功骨整合的植體將與骨頭產生黏連，建議直到顏面部骨骼發育完成後（通常約18歲）再接受植牙手術。
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